Поред реализације основних програма, ЦЕКОС спроводи и појединачне пројекте из области оснаживања и развоја медија, руралног омладинксог рада и оснаживања капацитета заговарача промена у локалним заједницама.
Учесталост пројеката зависи од расположивих донаторски програма и грант средстава.